Tohumların eldesinden sonra en çok dikkat edilecek hususlardan biri de saklama yöntemidir. Tohumların uzun süre saklanabilmesi için kuru, serin ve ışık almayan bir ortamda tutulmaları gerekmektedir.
Güzelce kurutulan tohumlar kısa süreli saklama için bez keselere konarak etiketlenir ve ışık almayan, serin ve kuru bir ortamda saklamaya alınır. İstenirse bez torba, kapaklı kavanoz içine nemden korumak için bir miktar kağıt havlu ya da silikajel ile birlikte konularak ağzı kapatılır ve buzdolabında +4-5 °C’de tutulabilir.
Uzun süreli saklama ancak laboratuvar koşullarında mümkündür. Kriyoprezervasyon (Dondurarak Koruma) adı verilen özel bir işlem uygulanan tohumlar teorik olarak sonsuza kadar canlılıklarını yitirmeden saklanabilmektedir.
Sıcaklık: Depolama sırasındaki yüksek sıcaklıklar, tohum yapısının bozulmasını hızlandırıp, saklama ömrünü azaltır. 0-50°C arasındaki depolama sıcaklıklarında sıcaklığın her 5°C azaltılması ile tohum ömründe iki kat artış sağlanabilmektedir. Bu nedenle 0-5°C arasındaki sıcaklıklar tohum depolaması için uygundur. Uygulamada ekonomik olması nedeni ile +10°C tercih edilir.
Oransal nem: Tohumların saklamasında depo havasının oransal nemi %50-60 arasında olmalıdır. Gerek tohum neminin gerekse depo neminin artışıyla birlikte tohumlarda kızışma meydana gelmektedir. Tohum neminin artışı ile birlikte depo hastalık ve zararlılarının faaliyeti de artmaktadır. Depo nemi %40’ın üzerine çıkınca depo zararlıları harekete geçmektedir. %65-70’in üzerine çıktığında ise depo küflerinde artış görülmekte ve bu durum tohumların çimlenme kabiliyetinde azalışa neden olmaktadır. Tohumlar düşük sıcaklık ve düşük oransal nemde 2 seneden 10 seneye kadar saklanabilmektedir.
Tohum nemi: Tohum nemindeki %5-14 arasındaki her %1’lik artış tohum depolama ömrünü 2 katı kadar azaltır.
Hasat öncesi ve sonrası saklama koşulları: Hasat sırasındaki mekanik zedelenmeler (ezilme, zedeleme, kırılma vb) tohumun depolama koşullarından ve depo zararlılarından etkilenmesine neden olur. Hasat sonrasında ise tohumun bünyesindeki nem kapsamı tohumun canlılığı açısından çok önemlidir. Sebze tohumlarının depoya konulmadan önce nem düzeylerinin küçük tohumlularda %3-6’ya, iri tohumlularda %8-10’ düşürülmesi gerekir.
Saklama kapları: Tohumların uzun süreli saklanması için içine konulduğu kaplar çok önemlidir. Tohumlar depoya konulmadan önce uygun nem içeriğine düşürüldüyse hava almayan cam ya da polietilen kaplar içinde saklanması gerekmektedir. Bez ya da kağıt-karton içerisinde saklanan tohumlar değişen ortam şartlarından kolay etkilenmektedir. Uygun nem içeriğine düşürülmeyen tohumlarda ya da nem geçiren kaplarda saklanan tohumlarda küflenme, çimlenme vb istenmeyen durumlar görülmektedir.